Si, sí, lo de vulgaris es una vulgaridad, viendo las comunes Silene vulgaris

RAE: vulgar1. (Del lat. vulg?ris).
1. adj. Perteneciente o relativo al vulgo. Apl. a pers., era u. t. c. s.
2. adj. Común o general, por contraposición a especial o técnico.
3. adj. Que es impropio de personas cultas o educadas.
4. adj. Dicho de una lengua: Que se habla actualmente, en contraposición de las lenguas sabias.
5. adj. Que no tiene especialidad particular en su línea.
Así que lo de vulgar en botánica debe de ser algo así como la más común, segunda acepción, sin sombra de menosprecio. ¿ O no somos las personas vulgares mucho más recomendables y decentes que las encumbradas?

Saludos. Joserra